Los Sistemas Territoriales de Innovación (STI) constituyen el componente de innovación y generación de ingresos de los PDRIET. Estos Sistemas son una estrategia fundamental para vincular los conocimientos, experiencias y esfuerzos de todos los actores de un determinado territorio a la solución de los problemas técnicos que enfrentan sus sistemas productivos y a la consecución de una ruralidad más próspera, equitativa y eficiente.
Los STI no sólo propician la colaboración entre los actores del territorio y la sinergia entre diferentes fuentes de conocimiento, sino que son fundamentales para lograr la rentabilidad de los sistemas productivos, el desarrollo equitativo y sostenible, la competitividad y la diversificación económica en los territorios rurales del país.
Los STI, al igual que los PDRIET, se desarrollan sobre territorios específicos, con la interacción coordinada de sus actores sociales, empresariales, institucionales y gubernamentales. Asimismo, el proceso de formulación y puesta en marcha de un STI contempla tres etapas: Etapa inicial o de conformación del STI, Etapa de construcción y Etapa de escalamiento.